A criação de unidades de conservação têm sido um dos pilares de atuação do Governo do Estado, visando a proteção de importantes remanescentes florestais. De 1892 até 1992 foram criadas 188 áreas protegidas, incluindo parques estaduais, monumentos, áreas de proteção ambiental, áreas naturais tombadas e estações ecológicas e experimentais. De 1991 a 2011 foram criadas 59 novas unidades, numa área total de 2,1 milhões de hectares.
A partir de 2000, quando foi instituído o Sistema Nacional de Unidades de Conservação, por meio de lei federal, as unidades passaram a ser divididas em de áreas de proteção integral, com restrição maior ao uso, e de uso sustentável, seguindo as diretrizes da IUCN – International Union for Conservation of Nature. No Estado de São Paulo as áreas caracterizadas por serem unidades de conservação totalizam 4,6 milhões de hectares.
Em 2006 foi aprovada norma estadual que reconhece as Reservas Particulares do Patrimônio Natural, no âmbito do Estado de São Paulo, instituindo um Programa Estadual de Apoio às Reservas Particulares do Patrimônio Natural, fomentando a participação dos entes privados na conservação dos recursos naturais.
Os programas estaduais desse setor, além da criação de novas áreas, também visam a implantação das unidades existentes, com a elaboração e implementação de seus planos de manejo, constituição dos conselhos consultivos, aprimoramento da fiscalização e das estruturas de uso público.
Um importante destaque é a política estadual de conservação dos recursos naturais e biodiversidade marinha no litoral paulista. São Paulo, seguindo uma tendência mundial de proteção da sua costa, transformou quase todo o seu mar em unidade de conservação, com objetivo de, em primeiro lugar, proteger a biodiversidade marítima que se encontra em franca deterioração em todo o planeta, com sérios prejuízos para a pesca, e também de garantir o uso sustentável de seus recursos.
Em 2008, foi instituído o Mosaico das Ilhas e das Áreas Protegidas Marinhas do Litoral Paulista, pelo Decreto Estadual nº 53.528/2008, disposto em três Áreas de Proteção Ambiental Marítimas: Norte, Centro e Sul, somando 1.123.108 hectares protegidos, uma das maiores áreas marinhas protegidas do mundo. Nas Áreas Marinhas foi reforçada a fiscalização ambiental e instituídas restrições no modelo de pesca mais predatório.
Cabe destacar que São Paulo liderou o processo de reconhecimento da Reserva da Biosfera da Mata Atlântica pelo Programa “O Homem e a Biosfera” da UNESCO. Essa Reserva é hoje considerada um modelo para esse Programa em seus 35 milhões de hectares que se estende do Ceará ao Rio Grande do Sul. A Secretaria do Estado de Meio Ambiente vem desde 1993 dando o apoio logístico e de pessoal ao funcionamento dessa imprescindível Reserva da Biosfera, ao Conselho Nacional e a Secretaria Executiva e já, inclusive, foi premiada por esta ação.
As ações governamentais incluem também medidas que visam a proteção da fauna silvestre. Em 1998 foi elaborada a primeira lista de animais ameaçados de extinção da fauna silvestre. Em 2008 esta lista foi atualizada, seguindo as normas da IUCN, e até o final de 2012 a meta é atualizá-la novamente. E a importância de se trabalhar com espécies ameaçadas de extinção é que a partir desta informação é possível propor políticas para reverter tal situação.
Ainda considerando a importância dos espaços protegidos e sua efetiva implantação, em outubro de 2011, o Governo estabeleceu o Programa Parcerias para a Sustentabilidade das Unidades de Conservação que estabelece mecanismos aptos a viabilizar a concessão de serviços de gestão e ecoturismo em unidades de conservação à iniciativa privada, ONGs, comunidades locais e eventuais consórcios para participar de editais de licitação. O objetivo é buscar apoio e recursos para fortalecer as ações de conservação e produção florestal. Por outro lado, visa oferecer serviços de qualidade de ecoturismo e toda gama de subprodutos daí resultantes.